アルフォート星団帝国から銀河鉄道を守った激戦から１年。
今また、銀河鉄道に新たな驚異が迫ろうとしていた。
銀河鉄道のレール上に現れる謎の幻覚事件が多発。
宇宙空間に突如現れる存在するハズのない街やジャングル、そして、美しい海…。原因不明の事態にダイヤは乱れ、銀河鉄道管理局はかつてないパニックに陥る。

そんな時、銀河鉄道のレールがはずされ、
今では銀河鉄道が停まらないヒーライズ星、
別名「忘れられた時の惑星」から
あり得ない救難信号が届いた。
それは、VIPを乗せた銀河超特急999号からのSOSであった。

すぐさま管理局は、銀河鉄道の安全を守る空間鉄道警備隊、
通称、SDF(SPACE DEFENSE FORCE)の精鋭、シリウス小隊に出場命令を下した。亡き父と兄の意志を継ぎ、
SDFに入隊した主人公有紀学は幻覚事件が解決しないまま、銀河鉄道が停まらぬ謎の惑星へと旅立つ!!

一方、事故直前の星野鉄郎が、謎の老郵便配達人から
宛名の無い1通の手紙を預かっていた…。
鉄郎には、老郵便配達人には見えない宛名の文字が見えていたのである。
「銀河鉄道の乗客ならいつか宛名のその人物に出会えるかもしれない…」その意志を受け継いだのである。
しかし、その直後列車は消息不明に…。

謎の幻覚事件。
銀河鉄道が停まらぬ星。
そして、宛名の消えた手紙。

謎が謎を呼ぶ怪事件を打破し無事帰還できるのか…。