無限の宇宙空間を走る銀河鉄道。
突如、そのレール上に原因不明の幻想空間が現れ、各路線が運行不能に 陥る怪奇事件が勃発し、その原因究明が急がれていた。そんな折り、別名「忘れられた時の惑星」と呼ばれ、今では銀河鉄道のレールが外された惑星ヒーライズから、銀河超特急９９９号の救難信号が届く。
不測の事態が続発し、混乱する銀河鉄道管理局は、ついに銀河鉄道の治安部隊である空間鉄道警備隊（通称：SDF）の精鋭、シリウス小隊に出動命令を下すのだった。