大宇宙を巡る銀河鉄道。その列車の運行と乗客の安全を守る治安部隊が通称SDF、空間鉄道警備隊である。
精鋭シリウス小隊所属の隊員有紀学は、謹慎処分を受け
実家のラーメン屋を手伝っていた。
出前から戻った学は、テレビから流れる特急列車暴走の
ニュースを耳にする。
列車の進む先は学が住む惑星。このままでは地表に激突、
地上は壊滅的大惨事に!!
救援に向かう銀河鉄道最強の列車「ビッグワン」を駆る
シリウス小隊は間に合うのか?
惑星ウィルゴー。そこは、深き緑に包まれた未開の星。
銀河鉄道管理局は、この惑星に新たな発着駅建設のため
調査を行っていたが、調査隊の消息が途絶えてしまう。
捜索要請を受け、シリウス小隊は直ちに惑星ウィルゴーに
向かう。ところが、すでに何者かの手により惑星全体にシールド
が張られていた。
先行する学、キリアンはシールドの影響で偵察機が破壊され、
惑星に不時着。やむなく２人だけで捜索任務を開始するが、
肝心なところでいがみ合ってしまう２人に様々なトラブルが襲い
掛かる。
一方、スピカ小隊の調査で惑星の地下深くには、ある鉱物が
眠っていることが判明する。
宇宙を漂流する宇宙種子群の影響によりアルタ線特急637号が立ち往生してしまった。
速やかに救助に駆けつけたシリウス小隊だが夥しい数に
苦戦を強いられる。637号とビッグワンに新たな種子群が
到達しようとしたとき、種子群に向けて一条の
ビームが放たれる。 ビッグワンの危機を救ったのは、
新たに編成されたケフェス小隊の駆る最新車両「飛龍」だった。
ケフェス小隊は、的確な判断のもとシリウス小隊をサポートする
が、列車内に入り込んだ種子は植物生命体となって、
車両を侵食する。
しかも車両には、未だ乗客と学が残されている。
無数の残骸が散らばる、とある空域。その中を無数のビーム砲に追われながら進む641号。
やがて追ってきた戦艦と交戦状態となるが、とてもかなう
装備などもってはいなかった。
戦艦からの呼びかけに応答しない641号に戦艦の主砲が
向けられたその瞬間、ビッグワンが救助に現れ何とか
戦艦を後退させる。その時管理局より641号は、内戦の続く
惑星グエラより脱出した乗客を乗せており、
その中に反グエラ政府のスパイが潜入しているという連絡が
入る。
一方、乗客の誘導をする学の前にミザリーと名乗る少女が
現れる。そして、撤退したはずの戦艦の追撃が始まった。
